De belangrijkste opgravingen voor de dienst zijn diegene die iets vertellen over het ontstaan en de geschiedenis van de stad. Daarnaast vindt er onderzoek plaats naar kerken en kloosters. Hieronder valt ook de opgraving van het Sint-Jans kerkhof omdat het iets vertelt over de Middeleeuwse bewoning en de kathedraal in Den Bosch.

Het kerkhof werd ontdekt toen men bezig was met het bouwen van een nieuw dienstenverblijf voor de Sint-Jan. Na de restauratie van de Sint-Jan had men namelijk 2 miljoen gulden over en dat kon goed besteed worden aan het nieuwe dienstenverblijf.

De archeologische dienst kreeg 6 weken de tijd om het kerkhof op te graven. De bebouwing werd gedateerd op 1200-1419, hierboven lag het kerkhof, deze was in 1444 als zodanig aangekocht en in 1858 stopte de begravingen in het kerkhof. Omdat het onmogelijk was om beiden geheel op te graven, is gekozen voor een steekproef voor beiden. In totaal zijn 421 "totale" begravingen opgegraven. Enkele graven bestonden uit meerdere individuen. Maar weinig skeletten dateerde uit de middeleeuwen, de 18e en 19e eeuwse skeletten waren talrijker. Deze skeletten lagen in diepe kuilen met een zwarte vulling, de houten grafkisten lagen op elkaar gestapeld met maar enkele centimeters tussen de kisten. Verder lagen deze 18' en 19' eeuwse kisten direct boven de oudste skeletten. Om ruimte te besparen lagen de trapeze-vormige kisten om en om. De datering van de skeletten is gebaseerd op rozenkransen en pelgrims insignes die individuen op het lichaam droegen toen zij begraven werden.

Naast volwassen personen zijn er ook veel kinderen aanwezig. Van de skeletten die wij onderzocht hebben, zijn er 2 van baby's.

De opgraving vond plaats op het armenkerkhof, ook waren hier soldaten begraven. Enkele skeletten vertonen zaagsporen, deze zijn aangebracht door artsen die sectie verrichtten op geesteszieken en militairen.

Het speciale aan deze opgraving is dat het hier gaat om armen en dit is zeldzaam, meestal zijn het alleen de skeletten van de rijke individuen die bewaard zijn gebleven. Vraagstelling: Valt er aan de hand van het skelet-materiaal iets te vertellen over de fysieke gesteldheid (met leeftijdsbepaling en geslachtsbepaling) van de desbetreffende bevolking en zijn er overeenkomstige eventueel pathologische verschijnselen die met behulp van voorspelbare leefomstandigheden te verklaren zijn?